ปัตตานีกับสยาม
ปัตตานีมีความสัมพันธ์กับสยามในสมัยอยุธยาในฐานะประเทศราช ซึ่งมีธรรมเนียมต้องส่ง "บุหงามัส" หรือดอกไม้เงินดอกไม้ทองให้ทุกๆ ปี แต่อย่างไรก็ดีอำนาจรัฐของกรุงศรีอยุธยาก็ไม่อาจแผ่ขยายไปยังหัวเมืองไกลโพ้นอย่างปัตตานีได้อย่างเบ็ดเสร็จเด็ดขาด ครั้งใดที่กรุงศรีอยุธยาประสบปัญหาทางการเมือง หรือติดพันศึกสงคราม ประเทศราชที่มีความพร้อมทั้งทางภูมิศาสตร์และเศรษฐกิจอย่างปัตตานีก็จะมองหาความเป็นอิสระในทันที
ด้วยเหตุนี้ทำให้ปัตตานีกับสยามต้องมีเหตุให้ทำสงครามกันอยู่บ่อยครั้ง ครั้งหนึ่งสุลต่านเมืองปัตตานีถึงกับนำทหารบุกพระราชวังหลวงของกรุงศรีอยุธยาในสมัยสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ ซึ่งขณะนั้นสยามกำลังติดพันศึกอยู่กับหงสาวดี เหตุการณ์ปรากฏอยู่ในพระราชพงศาวดารฉบับหลวงประเสริฐฯ ดังนี้
(ศักราช ๙๒๕) "ครั้งนั้นพระญาศรีสุรต่านพระญาตานีมาช่วยการเศิก พระญาตานีนั้นเปนขบถ แลคุมชาวตานีทั้งปวงเข้าในพระราชวัง ครั้นแลเข้าในพระราชวังได้เอาช้างเผือกมาขี่ยืนอยู่ ณ ท้องสนาม แล้วจึงลงช้างออกไป ณ ทางตะแลงแกง แลชาวพระนครเอาพวนขึงไว้ต่อรบด้วยชาวตานีๆ นั้นตายมาก แลพระญาตานีนั้นลงสำเภาหนีรอดไป"
แต่มีรายละเอียดมากกว่า
(ศักราช ๙๑๑) "ขณะนั้นพระยาตานีศรีสุลต่าน ยกทัพเรือหย่าหยับสองร้อยลำเข้ามาช่วยราชการสงคราม ถึงทอดอยู่หน้าวัดกุฏีบางกะจะ รุ่งขึ้นยกเข้ามาทอดอยู่ประตูไชย พระยาตานีศรีสุลต่านได้ทีกลับเป็นกบฎ ก็ยกเข้าในพระราชวัง สมเด็จพระมหาจักพรรดิราชาธิราชเจ้าไม่ทันรู้ตัว เสด็จลงเรือพระที่นั่งศรีสักหลาดหนีไปเกาะมหาพราหมณ์ และเสนาบดีมุขมนตรีพร้อมกันเข้าในพระราชวัง สะพัดไล่ชาวตานีแตกฉานลงเรือรุดหนีไป ฝ่ายมุขมนตรีทั้งปวงก็ออกไปเชิญเสด็จ สมเด็จพระมหาจักพรรดิราชาธิราช พระเจ้าช้างเผือกเสด็จเข้าสู่พระราชนิเวศมหาสถาน"
พระยาตานีคนนี้คือ สุลต่านมุซาฟาร์ ชาฮ์
(Sultan Muzafar Syah) พระราชโอรสของสุลต่านอิสมาเอล ชาฮ์ แต่เรื่องราวของพระองค์ในเอกสารของทางฝ่ายปัตตานีกล่าวไว้ต่างกัน คือสุลต่านมุซาฟาร์ ชาฮ์ เคยเสด็จไปเชื่อมสัมพันธไมตรีกับสยาม แต่ฝ่ายสยามต้อนรับไม่สมพระเกียรติ จึงเสด็จกลับปัตตานีด้วยความน้อยพระทัย ต่อมาเมื่อทราบว่าสยามติดพันสงครามอยู่กับหงสาวดี จึงยกทัพเข้าตีกรุงศรีอยุธยา บุกเข้าพระราชวังได้ แต่กษัตริย์สยามหนีออกมาทัน ไปหลบอยู่ที่เกาะมหาพราหมณ์ แล้วจึงรวบรวมกำลังเข้าตีตอบโต้ กองทัพปัตตานีต้องถอยร่นออกมาถึงปากอ่าว
สุลต่านมุซาฟาร์ ชาฮ์ สิ้นพระชนม์ขณะยกทัพกลับ พระศพถูกฝังไว้ริมฝั่งแม่น้ำเจ้าพระยาบริเวณปากอ่าว
สุลต่านมุซาฟาร์ ชาฮ์ พระองค์นี้มีความสำคัญคือเป็นผู้สร้างมัสยิดกรือเซะ ซึ่งมีตำนานบางเรื่องกล่าวพาดพิงไว้ว่าเป็นฝีมือช่างคนเดียวกับที่สร้างปืนพญาตานี!